Священномученик Никодим (Кононов), в миру Александр, родился 18 июня 1871 г. в Архангельской губернии, в семье священника. В 1892 г. он поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию. На четвертом курсе принял монашество, вскоре был рукоположен во иеродиакона, а потом - во иеромонаха. В 1896 г. закончил академию со степенью кандидата богословия и летом того же года был назначен смотрителем в Александро-Невское духовное училище.
     В Санкт-Петербурге отец Никодим проводит большую работу по составлению житий святых отцов, просиявших в северных и уральских землях, среди них - «Верное и краткое исчисление преподобных отец Соловецких, в посте и добродетельных подвигах просиявших, и исторические сведения о церковном их почитании», «Соловецкие подвижники благочестия XVIII-XIX вв.», «Преподобный Иов, Уральский чудотворец, и судьба основанной им обители», «Преподобный Никодим, пустынножитель Хозьюгский», «Древнейшие архангельские святые и исторические сведения о церковном их почитании. Археологические очерки», «Архангельский патерик», «Русские святые и подвижники благочестия, подвизавшиеся и чтимые в приделах Санкт-Петербургской епархии XIV—XVII вв.», «Преподобный Александр Свирский и его ученики-подвижники».
     В 1901 г. он был возведен в сан архимандрита, а 17 января 1904 г. -  назначен ректором Калужской духовной семинарии.
     Прошло несколько лет, и архимандрит Никодим получает назначение на Север, где с 19 марта 1909 г. возглавляет Олонецкую духовную семинарию. Выходит в свет еще один его труд - «Старец отец Наум Соловецкий, подвижник-карел» (1910).
     9 января 1911 г. в Санкт-Петербурге архимандрит Никодим хиротонисан во епископа. Хиротонию совершали митрополиты: Московский и Коломенский Владимир (Богоявленский), Киевский Флавиан и другие. Епископ Никодим направляется в Курскую епархию, где несет послушание епископа Рыльского, викария Курской епархии. В то время в состав Курской епархии входила и Белгородская. Епископ Никодим прибыл сюда незадолго до открытия мощей свт. Иоасафа Белгородского. Здесь епископу Никодиму суждено было принять мученическую смерть. Господь отпустил епископу Никодиму время, чтобы на земле, освященной служением Святителя Иоасафа, поработать во славу своего святого предшественника. Епископ Никодим составляет акафист святителю Иоасафу.
      «Этот благодатный труд преосвященного является образцом среди акафистов, составленных в России... Красотою образов духовных легко запоминаясь, он рождает святую любовь к угоднику Божию», - так отзывались современники о труде владыки. Епископ Никодим проделал громадную работу и выпустил книгу «Житие, прославление и чудеса святителя Иоасафа» (Курск, 1914), содержавшую ценные биографические документы, иллюстрации, документальные данные о чудесах, совершенных предстательством святителя.
     Владыка Никодим был инициатором создания и одним из составителей многотомного труда «Жизнеописания отечественных подвижников благочестия XVIII—XIX столетий». В 1917 г. за свои труды он был удостоен степени магистра богословия. За небольшое время служения в Белгороде он снискал любовь и уважение людей. Проповеди епископа Никодима отличались, по словам современников, «необыкновенной силой богословской истины, красоты, выразительности и убедительности». Служил он истово и отрешенно, весь уходя в служение Богу, был «как посланец с небес среди земных людей». Верующим нравилась особая повествовательно-напевная манера чтения молитв во время богослужения. Как архипастырь, он действовал сообразно обстоятельствам, мог быть или непреклонно строг, или снисходителен и заботлив. Не оставались без внимания владыки и дела благотворительности - учреждались и поддерживались дома престарелых и сирот, на полном иждивении владыки жили перед революцией два воспитанника духовного учебного заведения.
     1917 год принес гонения на Церковь и ее служителей. Епископ Никодим в своих проповедях обличал насилие, грабежи и убийства, совершаемые властями ради утверждения своих идей, он проповедовал, что Законы Божий выше законов человеческих. Он сражался доступными ему духовными средствами - проповеди владыки были поистине «мечом духовным», им он защищал свою паству. Близкое окружение предостерегало любимого архипастыря от смелых шагов, совершенно обоснованно опасаясь за его жизнь, но он, не ограничиваясь проповедью с кафедры собора, регулярно проводил беседы на религиозно-нравственные темы. Епископ Никодим чудом избежал ареста.
     Осенью 1918 г. в Киеве состоялся Съезд архиереев юга России, в котором участвовал и епископ Никодим. Когда съезд закончился, ему настоятельно предлагали не спешить в Белгород, но владыка и слышать не хотел об этом. По прибытии в Белгород он не стал скрываться от властей, как того желала братия Троицкого монастыря, где была резиденция архипастыря. Власти только ждали удобного случая, чтобы его арестовать.
     Наступало Рождество Христово 1919 г. В кафедральном Троицком соборе владыка совершил Рождественское богослужение, потом принимал у себя представителей белгородского духовенства. В это время сюда явился известный своей жестокостью комиссар Саенко. Епископу было приказано немедленно следовать в ЧК. Успокоив всех присутствующих, владыка отправился в Чрезвычайку, располагавшуюся в здании бывшей земской управы. Весть об аресте архипастыря быстро распространилась по городу. Быстро организовались депутации в защиту любимого пастыря. Одну из них возглавила начальница 2-й женской гимназии М.Д. Кияновская. Мария Дмитриевна, жена священника, не скрывала своих религиозных и политических убеждений. В том же день, в праздник Рождества Христова, она была арестована как "руководительница контрреволюционной демонстрации" и расстреляна.
     Опасаясь волнений, владыку отпустили через несколько часов, но на свободе ему уже оставалось быть совсем недолго. На второй день Рождества епископ Никодим совершил последнюю в своей жизни Божественную литургию, произнес проповедь, а во время вечернего богослужения был арестован красноармейцами прямо в алтаре и тайно выведен из храма. Священномученик Никодим содержался в здании ЧК, где в подвале его подвергали допросам и пыткам.
     По приказу того все того же комиссара Саенко 10 января 1919 г. (н.ст.) священномученик Никодим был расстрелян. Желая скрыть от народа эту казнь и боясь отказа красноармейцев расстрелять уважаемого пастыря, его повели на расстрел в военной шинели. Владыку тайно захоронили в общей могиле за городом. Все же люди узнали место погребения своего архипастыря. Братскую могилу верующие тайно украшали цветами и ветвями. Кроме цветов и зелени на могиле появились кресты, иконки и даже лампадки. У братской могилы служили панихиды по христианском мученике, незабвенном епископе Никодиме.
     После взятия Белгорода Добровольческой армией (через полгода после расстрела владыки) братская могила была вскрыта. Тело священномученика узнали по сохранившемуся на нем монашескому параману. Медицинский осмотр убиенного пастыря установил, кроме огнестрельной раны в груди, (не смертельной), также пролом черепа от удара тяжелым тупым предметом, огромный кровоподтек в верхней части головы и пролом гортанных хрящей от удушения.
     Останки епископа Никодима были перенесены в Троицкий монастырь при участии всего духовенства города и большом стечении народа, а погребен он был на завещанном им месте – у северной стены собора вблизи раки святителя Иоасафа. Спустя год мощи святителя Иоасафа были кощунственно вскрыты и увезены, в начале 1920-х гг. Троицкий собор был снесен, а останки епископа Никодима остались погребенными под его развалинами.
      Священномученик епископ Белгородский Никодим (Кононов) канонизирован Архиерейским Собором Русской Православной Церкви 13–16 августа 2000 г. Память его совершается в день празднования Собора новомучеников и исповедников Российских, в день его мученической кончины и в 3-ю Неделю по Пятидесятнице, в празднование Собора Санкт-Петербургских святых.