Брат В.Л. Маркова. Родился и прожил почти всю жизнь в родовом имении Александровка (с. Крутое Щигровского у. Курской губ.). Образование получил в Курской гимназии, затем в Харьковском университете, который он окончил в 1857 со степенью кандидата естественных наук; слушал лекции в ряде университетов Германии.

Вернувшись в Россию, преподавал в Тульской гимназии. Затем служил в учёном комитете Министерства народного просвещения, возглавлял гимназию в Симферополе, руководил народными училищами Крыма. Подлечив там туберкулёз, вернулся в Щигры, где занимался сельским хозяйством и земской деятельностью (председатель земской управы уезда).

С 1887 г. жил в Воронеже. Служил управляющим губернского отделения Дворянского земельного банка и председателем Крестьянского банка. Был почётным членом Воронежского губернского статистического комитета, с 1890 - председателем Воронежской губернской учёной архивной комиссии.

Автор многих публицистических статей и беллетристических произведений. Публиковался в "Отечественных записках", "Русском вестнике", "Голосе" и других ведущих органах российской периодики пореформенной поры. Продолжил литературную традицию путевых очерков просвещённого путешественника. Его книги: "Очерки Кавказа", "Берег моря", "Очерки Крыма", "Путешествие на Восток, Царьград и Архипелаг. В стране фараонов", "Путешествие по Святой Земле" и особенно воронежский цикл экскурсионных заметок ("Поездка в Дивногорье", "Червлёный Яр", "Хазарские городища", "Древний город Костенек", "Белогорские пещеры", "Поездка к камню Буилу" и др.) - содержат, помимо колоритных картин природы, описания историко-археологических памятников, многие из которых с тех пор оказались повреждены или вовсе утрачены. В трудах Воронежской губернской учёной архивной комиссии Е.Л Марков опубликовал, в частности, свои воспоминания о кладоискателях Щигровского уезда, об археологических находках на Ратском ("Святом") городище.

На автобиографическом материале впечатлений курского детства и юности построены его романы "Барчуки. Картины прошлого", "Чернозёмные поля", "Сомнения в школьной практике" и др. Художественное осмысление пугачёвского восстания дано им в историческом романе "Разбойница Орлиха" (1895). В отличие от своего брата, В.Л. Маркова, Е.Л. Марков резко критикует дворян, злоупотреблявших своим положением. Дворяне, полагает он, призваны помогать крестьянам, руководить ими, а те должны старательно работать на своих участках и на барских полях. Деревенскую нищету и обездоленность Марков склонен объяснять главным образом мужицкой нерадивостью. Причину пугачёвщины усматривает в злоупотреблениях властей и в произволе со стороны помещиков, забывших о своих обязанностях.

В 1903 Е.Л. Марков на собственные средства построил школу в с. Мелехино. Будучи членом попечительского совета Курской учительской семинарии, оказывал материальную помощь в обеспечении учебного процесса.

Погребён в родовом имении Патепник Щигровского уезда.

Его именем называлась до революции Щигровская земская библиотека, в здании которой в настоящее время расположен краеведческий музей с установленной на нем мемориальной доской.