В начале XVII века (1601) по воле и желанию царя Бориса Годунова в Курске был устроен Троицкий мужской монастырь. Строителем его был монах Иона Тюлька (фамилия его читается по-разному в разных документах - Тиолка, Телка). Троицкая (Нижняя) церковь строилась, как монастырская и была, как и весь монастырь, деревянной.
В Смутное время литовские войска полностью разорили монастырь (в 1764 году), уничтожив кельи, храм и другие постройки. Пострадали от нашествия и монахи с послушниками, и простой народ, живший вокруг монастырских владений. Из-за отсутствия документов можно только предположить, что, несмотря на указания царя Михаила Федоровича, восстановить монастырь на прежнем месте не удалось. Причин было несколько: и отсутствие братии, и зарождение нового Знаменского монастыря, который находился под защитой крепости, а, следовательно, имел преимущества перед другими монастырями. От монастыря сохранилась одна из самых древних церквей Курска - Церковь Троицы Живоначальной (Нижняя Троица) ( г. Курск, ул. Гайдара, 30).
Храм построен в 1742 году, северный придел - в 1829 г., а южный - в 1842 г. В 1936 году Нижне-Троицкая церковь была закрыта. Однако община церкви обжаловала решение Курского облисполкома перед Президиумом ВЦИК, и храм вернули прихожанам.
В начале войны со здания была снята глава колокольни, а на ее месте устроен наблюдательный пункт ПВО. Но во время окупации богослужения возобновились.
В 1971 году в здании начались реставрационные работы. С 1989 года здесь работал городской планетарий. Первый этаж церкви возвратили епархии в 1992 году, второй - в 1995 году после переселения планетария. Ныне храм имеет приделы Святой Троицы, прп. Амвросия Оптинского, благоверных князей Бориса и Глеба (нижний храм), Святого Духа и свт. Николая Чудотворца (верхний храм).