Преподобный Иоанн, в миру Иван Крюков, родился в Курске в 1795 г. в семье мещан. В возрасте девяти лет был отдан на обучение мастеру по изготовлению изразцов.
Зарекомендовав себя искусным работником, открыл собственную мастерскую по изготовлению изразцовых печей. После смерти жены поступил в Глинскую пустынь Курской епархии. Носил вериги, был усерден в молитве. Уже в это время у святого стал проявляться дар целительства. Был пострижен в мантию с именем Иоанникий. По приглашению настоятеля древней Успенской Святогорской пустыни Харьковской епархии, восстановленной в 1844 г., перешёл в неё, получив послушание эконома. Был посвящён в сан иеромонаха. В 1850 году, получив благословение епископа, ушёл в затвор, поселившись в одной из пещер монастыря. Спал в гробу, держал строгий пост, посвящая всё время молитве с сотнями поклонов. Раз в месяц святой покидал затвор, чтобы причаститься Святых Тайн в монастырской церкви.
После 18 месяцев затвора был пострижен в великую схиму с именем Иоанн. С середины 1850-х годов о. Иоанн причащается раз в неделю, ради беседы с паломниками открывает двери своей кельи. Прославился прозорливостью и даром целительства. От постоянного пребывания в темноте подвижник ослеп, в последние годы жизни творил непрестанную Иисусову молитву.
Умер 11 августа 1867 г. в монастырской больнице. Был похоронен у алтаря больничной церкви. Широкое народное почитание прп. Иоанна началось со дня его смерти. У мощей святого происходило множество чудесных исцелений, запись которых велась в монастыре. После революции 1917 г., несмотря на препятствия, чинимые властями, паломничества к могиле прп. Иоанна продолжались.
Канонизирован для местного почитания Священным Синодом Украинской Православной Церкви в 1995 году.