Преподобный Илия родился в Курске в 1829 году в простой и благочестивой семье местных мещан - Алексия и Олимпиады Чеботаревых. С раннего детства обнаружил особенную любовь к посещению храма Божия и к слушанию священных книг, в особенности житий святых подвижников. Выучился читать и немного писать дома, при помощи своих родителей. С 7-летнего возраста стал помогать родителям в их занятии - торговле.
      Юный Иоанн (так был он наречен во Святом Крещении), благодаря благочестивым семейным порядкам, избегал развлечений. Когда Иоанну исполнилось 24 года, он ходил в Киев на поклонение почивающим там угодникам Божиим. Всматривался в жизнь киевских обителей и остался неудовлетворенным ею из-за массы паломников и всегдашней сутолоки.
      После смерти родителей он счел целесообразным прекратить все торговые дела, что требовало немалого времени. Чтобы не оставаться праздным в этот период, он поступил приказчиком к одному курскому купцу, на коей должности дела вел весьма удачно. В свободное время Иоанн Чеботарев продолжал усердно заниматься чтением священных книг, в воскресные и праздничные дни непременно ходил в храм, вел себя просто и в обращении был кротким.
      Хозяин, благодарный Чеботареву за его успехи по службе, предложил ему руку своей дочери. Однако тот отклонил предложение и принял решительные меры к тому, чтобы скорее расстаться с мирской жизнью.
      Избрав для себя строгий и удаленный Валаамский монастырь, Иоанн Чеботарев прибыл туда 4 января 1862 года, когда ему было 32 года. Сразу был принят в число послушников и назначен на послушание при самом монастыре. Через два года, 13 января 1864 года, он был принят в братство монастыря и вскоре облачен в рясофор без пострижения. С начала монастырской жизни Иоанн вступил под руководство знаменитого настоятеля Валаамского монастыря и опытного старца игумена Дамаскина.
      У него Иоанн, будучи уже рясофорным послушником, стал проситься на пустынное уединение. Видя его неуклонное намерение, игумен Дамаскин назначил его на остров святого Сергия, находящийся от монастыря на расстоянии 18 верст. Здесь Иоанн положил начало своим уединенным подвигам. Однако на острове он пробыл недолго и вернулся на монастырские послушания, с любовью читал книги и строго выполнял келейное правило.
      24 апреля 1871 года Иоанн Чеботарев был пострижен в мантию с именем Иоанникия. С принятием монашеского образа он увеличил подвиги молитвы и самоотвержения. Вскоре же был назначен пономарем при церкви прпп. Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Отец Иоанникий, будучи к себе чрезмерно строг, того же требовал и от других. А потому в скиту, находящемся под его руководством, царили благочиние и мир.
      Однажды, при корчевании пней в скитском лесу, отец Иоанникий надорвался и получил грыжу, которою потом страдал до конца жизни. Оправившись немного от болезни, он пожелал перейти в другой скит, более строгий по уставу. На это последовало благословение с назначением в скит в честь Коневской иконы Божией Матери, в котором он усугубил подвижнические труды. Пища здесь полагалась самая постная, часто безъелейная: рыба или молочное не дозволялись даже в великие праздники.
      Несмотря на болезнь, усиливающуюся к старости, о. Иоанникий по особому благословению своих духовных отцов игуменов Дамаскина и Иоанафана полагал ежедневно очень много поклонов - поясных тысячи, а земных - сотни. Ввиду того, что в скитах церковное богослужение бывает редко, он ежедневно правил полную службу келейно. Наконец болезнь обессилила его, и с 23 сентября 1891 года о. Иоанникий был почислен за штат. В этих условиях он счел благовременным принять великий ангельский образ. 16 января 1892 года последовало его пострижение в схиму с именем Илии, ровно через 30 лет жизни на Валааме.
      Приобретение молитвенного духа составляло главнейший его подвиг. Но о. Илия был украшен и телесным подвигом. Никто не знал, когда и как он спал: никакого ложа в его келье не было. Потом выяснилось, что спал он в сенях на дровах. Одевался очень просто и легко, даже в холодное время. Ему предлагался священный сан, но он по смирению решительно отказался от него, не желая оставлять пустынное житие.
      Вскоре о. Илия перешел в еще более строгий скит Иоанна Предтечи на острове. Все условия здесь были чисто пустыннические, а устав постнический. Это и влекло сюда подвижника-пустыннолюбца. Старец о. Илия был постоянно углублен в духовное делание, в молитвенный подвиг, сторонился суетного.
      Напоследок дней его, в конце 1893 года, Господь переселил о. Илию с Валаама в Сибирский край, именно в Верхотурский Николаевский монастырь. Указом Священного Синода от 4 октября 1893 года штатный устав сменялся на общежительный. Для укоренения новых порядков нужны были опытные в этом люди, и одновременно с указом в Верхотурский монастырь назначен был настоятелем иеромонах Валаамского монастыря Иов с возведением в сан архимандрита. Последний испросил себе в поддержку еще некоторых валаамских монахов, опытных в деле благоустройства обители, в их числе и схимонаха Илию.
      В Верхотурском монастыре о. Илия по-прежнему стремился к совершенному уединению. Но скоро старец Илия стал принимать множество посетителей, которые приходили к нему за словами назидания, благодатность коих всеми почувствовалась. При этом о. Илия нес монастырское послушание при святых мощах праведного Симеона.
      Многолюдие расстроило его безмолвие, и он испросил благословение архимандрита Иова на поселение в лесу, неподалеку от монастырской Октайской заимки, что в 8 верстах от монастыря. Однако блаженной тишиной о. Илия пользовался недолго. Сюда добирались паломники, о. Илия продолжал духовно окормлять обращавшихся к нему.
      Из лесной пустыни старец прибывал в монастырь только на праздники, для приобщения Святых Христовых Тайн.
      Между тем, годы брали свое, и болезнь все более и более стала тревожить его. Своему ученику - пустыннику, старцу Евдокиму Пленкину, он чаще стал жаловаться на упадок сил и выразил желание об уединении. Ученик пригласил старца Илию в свою, более удаленную пустынь, в глухом и труднопроходимом лесу, на озере, на расстоянии более 20 верст от Верхотурья. Местность пришлась по душе о. Илии. Несмотря на слабость сил, старец Илия непрестанно держал строгое молитвенное правило, хотя временами в связи с переездами и болезнью вынужден был сокращать его. Пищею для подвижника служили сухари с водою, иногда картошка, чай. Слабое состояние подвижника побудило настоятеля монастыря игумена Арефу предложить о. Илии переход на постоянное жительство в монастырь. Переход о. Илии совершился летом 1899 года. Он принимал посетителей и отвечал на письма своих учеников и учениц.
      Вместе с тем он увеличил молитвенное правило, умножил число поклонов до 3000 в ночь: в сотне 80 поясных и 20 земных. В церковь ходил очень часто - когда позволяли силы. Притом работал физически: колол дрова, наблюдал за огородом и прочее. Любимым его изречением было: «Помяни последняя твоя, и во веки не согрешиши».
      В конце 1900 года он почти перестал принимать посетителей и бывать в храме. Когда болезнь приковала о. Илию ко одру, он стал часто приобщаться Святых Христовых Тайн. 30 ноября 1900 года, имея 70 лет от роду и 38 лет иноческой жизни, он отошел ко Господу. Похоронен был за алтарем кладбищенского монастырского храма мч. Неофита с южной стороны. Ныне честные останки преподобного Илии пребывают в Преображенском храме монастыря.
      Чин канонизации был совершен 29 декабря 2003 года.