Родился Александр Христофорович 23 июня 1783 года в Петербурге в семье дворянина. Он получил образование в иезуитской школе аббата Ноколя. В 1798 году Бенкендорф начал военную службу в звании унтер-офицера Семеновского полка. Уже в декабре 1798 стал флигель-адъютантом Павла первого в звании прапорщика. В 1803-1804 годах был участником военных действий на Кавказе под руководством Цицианова. За отличие в боях за Гянджи, а также в боях с лезгинами награжден орденами Святой Анны четвертой степени и Святого Владимира четвертой степени.В 1809 году был переведен в Молдавскую армию, которая воевала на Дунае против Турецких войск, где командовал кавалерийскими отрядами. За храбрость, проявленную в сражении под Рущуком в 1811 году, был награжден орденом Святого Георгия четвертой степени. Во время битвы под Велижем в 1812 году успешно атаковал позиции Французов, после чего был произведен в генерал-майоры. После того, как Наполеон ушел из Москвы, Бенкендорф был назначен временным комендантом города. Участвовал в преследовании Великой армии под началом Голенищева-Кутузова.
При воцарении Николая I сыграл очень важную роль. Во время восстания декабристов возглавлял правительственную армию, а впоследствии следственную комиссию по делу декабристов. Был удостоен Александровской ленты. 25 июня 1825 года был назначен руководителем политического сыска империи. В его обязанности входил надзор за поддержанием порядка в общественности и администрации, а также борьба со злоупотреблением чиновников.
Александр Христофорович был другом и доверенным лицом царя Николая Первого. Был одним из тех, кто постоянно сопровождал императора в поездках за границу и внутри страны. В апреле 1829 был удостоен звания генерала кавалерии и ордена Святого Владимира первой степени.
Бенкендорф начал быстро терять свое влияние в конце 1830 года. Его полномочия, которые вторгались в сферы других ведомств, часто вызывали конфликты на государственном уровне. В начале 1840 года передал управление Третьим отделением начальнику штаба жандармов. 23 сентября 1844 года на борту парохода "Геркулес" Александр Христофорович Бенкендорф скоропостижно скончался. Был похоронен под Ревелем в своем имении.