К Отечественной войне 1812 года, Степан Балабин уже имел немалый боевой опыт: с 1778 года, то есть с года своего поступления на службу, и по 1785 год - воевал с «немирными» горцами за Кубанью. Участвовал в военных экспедициях, в охране государственной границы, которая проходила по линии русских укреплений на Северном Кавказе. Был хорошо знаком с походной жизнью.Степан Федорович принимал участие в Русско-турецкой войне 1787-1791 годов и за боевые отличия получил чин сотника. Балабин отличился в сражении на Кинбурнской косе, в котором суворовскими войсками был почти полностью уничтожен янычарский десант. Он мужественно и отважно принимал бой, участвуя в рукопашных схватках.
Принимал участие Федор Балабин в боях за Бендерскую крепость, где получил сабельное ранение в плечо, но в полковом строю остался.
На приступ неприступного Измаила в 1790 году он шел в казачьей штурмовой колонне уже в чине сотника. Тогда он получил пулевое ранение в ногу. Наградой за славное для русского оружия измаильское дело казачьему офицеру стал Золотой крест «За Измаил», который даровался особо отличившимся по повелению императрицы Екатерины II на Георгиевской ленте. В том же году Степан Федорович получает чин армейского поручика.
Степан Федорович Балабин с 1806 года по декабрь 1818 годов командовал образцовой частью Донского казачьего войска — Атаманским полком, которому суждено было пополнить ряды казачьей гвардии старой русской армии. Атаманский полк носил имя Его Императорского Высочества Наследника Цесаревича.
Это был элитный полк донского казачества. Его сформировал с разрешения императрицы Екатерины II 20 апреля 1775 года войсковой атаман А.И. Иловайский в составе пяти сотен под названием «Войска Донского Атаманский полк». Он предназначался для непрерывной службы при войсковом атамане в качестве его особой личной стражи. Комплектовался лучшими казаками, которые набирались со всех станиц. Это был тысячный полк личной атаманской гвардии.
Балабин принял командование над атаманцами в тот год, когда началась Русско-прусско-французская война 1806-1807 годов. В той войне полку пришлось нести не только боевое охранение русской армии и вести разведку неприятеля, нарушать его коммуникации. За сражение при Ганау, где Атаманский полк действовал и удачно и бесстрашно, его командир удостоился ордена Святого Георгия 4-го класса (степени).
Отечественную войну 1812 года Атаманский полк начал в составе летучего казачьего корпуса атамана Платова, входившего в состав 1-й Западной армии, которой командовал генерал от инфантерии Багратион, один из любимейших суворовских учеников. Атаманцы оказались деятельными участниками во всех делах платовского корпуса.
Полковник Степан Балабин демонстрировал в каждом арьергардном бое высокое искусство командования элитным полком Войска Донского. На его личном счету в начале войны значились Мир, Романово, Иньково (или Молево Болото). Отличился в бою у деревни Кареличи, где ложной атакой полка обеспечил победный исход столкновения с французами. У деревни Климовой балабинские казаки разбивают французский отряд, обратив его в бегство.
Единственным важнейшим событием той войны, в котором донцам--атаманцам не довелось участвовать, стало Бородинское сражение. До начала его полковнику Балабину было поручено с пятью казачьими сотнями (половиной полка) вести наблюдение за неприятелем на правом фланге русской армии.
Атаманцы в истории Наполеоновских войн известны и тем, что однажды они едва не взяли в плен самого Наполеона Бонапарта. Дело было под Городней и обстояло так. Во время рейда по тылам французской армии под Малоярославцем император проводил рекогносцировку и опасно удалился от своего конвоя. Казаки не обратили внимания на небольшую группу всадников, стоявшую в стороне, и вступили в схватку с конвоем Наполеона. Тут к нему на выручку подоспела гвардейская кавалерия, и атака донцов была отбита.
В том деле под Городней разгрому подвергся гвардейский артиллерийский парк и обозы французской армии. Атаманцы оказались тогда одними из главных действующих лиц дня 13 декабря. О том, что они едва не стали «обладателями» самого Бонапарта, стало известно гораздо позднее.
В декабре 1812 года Балабин тяжело заболел и остался на излечении в Ковно. Когда он вернулся в строй, то получил в командование казачью бригаду. В октябре 1813 года Степан Федорович принял под свое командование Донской казачий полк Иловайского 11-го, который теперь в списках русской армии стал называться Донским казачьим полком Балабина 2-го.
Из наиболее известных дел в Заграничных походах для него стал штурм французского города Суассона. За него высочайшим пожалованием для героя стал орден Святого великомученика и Победоносца Георгия 3-й степени. Для полковников он был крайне редким отличием. В наградном рескрипте о содеянном подвиге говорилось кратко:
«В воздаяние отличных подвигов мужества, храбрости и распорядительности, оказанных в сражениях против французских войск 2 февраля при штурме Суассона».
Генерал-майорский чин Степан Федорович Балабин получил в январе 1815 года за отличия в кампании 1813 года. Человек, которому история лейб-гвардии Атаманского полка, гордости Войска Донского, обязана очень многим, ушел из жизни в 1818 году.