В 1997 г. архиепископ Курский и Рыльский Ювеналий узнал о том, что руководитель агропромышленного предприятия «Содружество» ищет покупателя на земельный участок с расположенными на нем жилыми и хозяйственными постройками. Заручившись поддержкой администрации Курской области, летом того же, 1997 г., Владыка Ювеналий обратился к директору АО «Содружество» Н.С. Максимову с предложением приобрести землю, изначально имея намерение создать на ней монашескую обитель.
      Когда переговоры были в самом разгаре, и наметилась лишь перспектива их благоприятного завершения, архиепископ Ювеналий приехал на хозяйственный двор Коренной пустыни, собрал небольшую общину подвизавшихся там монахинь и послушниц и предложил желающим переселиться во вновь создаваемый монастырь. Четверо сестер разного возраста и различного духовного опыта сразу согласились на переезд.
      На заседании 9 апреля 1998 г Священный Синод Русской Православной Церкви рассмотрел ходатайство Преосвященного Ювеналия об открытии монастыря и принял следующее постановление: «Благословить открытие в п. Золотухино Курской области женского монастыря во имя прп. Алексия, человека Божия» (п. Золотухино, ул. Садовая, 10). На заседании 17 июля того же 1998 г. Священный Синод утвердил монахиню Ангелину (Петренко) настоятельницей монастыря с возложением наперсного креста по должности.
      В ноябре 2002 г. митрополит Ювеналий обратился к настоятелю храма Вознесения Господня, что за Серпуховскими воротами в Москве, с просьбой о выделении частицы мощей св. Алексия. Так золотухинский монастырь обрел свою первую святыню. Ковчежец со св. мощами был помещен в киот иконы угодника Божия Алексия, которая постоянно пребывает на аналое, посередине храма.
      Число насельниц монастыря в отдельные годы достигало 19 человек, но кто-то скончался, кто-то, не выдержав нелегких условий жизни, отъехал в иные обители. Жизнь монастырская оставалась скудной, отсутствие средств не позволяло вести необходимые ремонтно-восстановительные работы… Такая ситуация сохранялась до 2004 г., когда Священный Синод удовлетворил прошение митрополита Ювеналия об увольнении его на покой, и у него появилась возможность уделять созданной им обители гораздо больше времени.
      25 мая 2005 г. он в очередной раз приехал в Золотухино с тем, чтобы определиться относительно дальнейших планов по обустройству обители. Средств не было, но были люди, готовые помочь трудом рук своих. Вскоре появились первые благотворители, как курские, так и из других регионов России.
      25 сентября 2006 г. по просьбе схимитрополита Ювеналия архиепископ Курский и Рыльский Герман освятил закладной камень в основание нового храма во имя Честного славного Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, в конце октября утвержден генплан застройки монастырской территории, а в декабре утверждено архитектурное решение двух келейных корпусов и храма.
      В настоящее время в монастыре проживают 15 насельниц: 1 схиигумения, 1 схимонахиня, 4 инокини, 2 монахини, послушницы.
      При монастыре действует воскресная школа, которую посещают дети, проживающие в поселке Золотухино и близлежащих селах. В третий день Рождества Христова 9 января, в согласии со сложившейся традицией, в монастыре проводятся Рождественские елки для детей одной из золотухинских школ. Кроме того, в обители установилась традиция общих трапез по воскресным и праздничным дням с приглашением всех присутствующих за богослужением паломников.