Подвигаясь по немножку вперед, Назимов приходит в Томск. ... Посетив Алексеевскую обитель и отдохнув сутки, отправился в дальнейший.
Богородице-Алексеевский монастырь - православный мужской монастырь в Томске, находится в юрисдикции Томской епархии Русской Православной Церкви.
Сведения о времени основании монастыря расходятся – по одним источникам он был основан в 1605 г., по другим – в 1622 г. Известно, что монастырь точно существовал в 1630-е гг. Столь раннее появление монастыря в только что основанном городе можно объяснить правительственными указами, а не большим количеством потенциальных насельников, мечтающих удалиться от мира. Первоначальное население Томска состояло из разгульных казаков, корыстолюбивых промышленников, иностранных искателей богатства, высланных поляков, сосланных каторжан, местных татар, «которых обычаи нравились русским, и многоженство нашло и подражателей». «Правительство видело, как необходимо в таком краю заведение благочестивое, подающее пример христианских добродетелей…».
В 1630-1650-х гг. Богородицкий монастырь находился у впадении реки Киргизки в Томь (Усть-Киргизский монастырь). В 1658 г. перенесен на Юрточную гору. При строительстве были устроены подземные склады и ходы к реке Ушайке (на кирпичный свод наткнулись рабочие, производившие земляные работы в начале ноября 1888 г. во дворе столоначальника томской казенной палаты В. Б. Орлова, жившего в конце тянувшейся от монастырской ограды к реке Ушайке улицы).
В 1663 г. освящена церковь во имя святого Алексея, человека Божия, монастырь стал называться Богородице-Алексеевским.
В 1729 г. в монастыре в заточении провел несколько месяцев Абрам Петрович Ганнибал.
Из Богородице-Алексеевского монастыря осуществлялось руководство прочими восемью сибирскими монастырями, входившими в Томский разряд. Монастырь до 1764 г. был единственным в Томской губернии владельцем 400 крепостных крестьян, а также обладал земельными угодьями на реках Томи и Оби. В XVII веке при монастыре была открыта больница, а в 1746 г. первая томская школа – Томское русское духовное училище (в 1762 г. преобразовано в русско-латинское). Также при монастыре с 1858 г. действовала духовная семинария с обширной библиотекой.
Монастырь, как и другие сибирские обители, был местом ссылки нарушителей монастырских уставов. Также в нем содержались и светские лица.
Главным монастырским храмом является Казанская церковь, имеющая также приделы в честь святого Алексия, человека Божиего, и святых Флора и Лавра. Изначально постройка была деревянная, неоднократно сгорала. В 1789 г. было построено современное каменное церковное здание в стиле сибирского барокко. В церкви находился особо почитаемый образ Божией Матери «Неопалимая Купина».
В 1830-е гг. монастырь окружили каменными стенами и башнями-часовнями (проект томского архитектора К. Г. Турского). На территории находились сад, озеро, летние кельи и кладбище, а к югу от монастыря – монастырская роща, сохранявшаяся до начала XX века.
В 1922 г. сам монастырь был закрыт, но община верующих при Казанском храме существовала до 1929 г. Монахи в этот период проживали под арестом в братском корпусе, а после закрытия храма вместе с архимандритом были казнены на горе Каштак.
В 1930 г. в помещениях монастыря расположился Индустриально-педагогический институт.
Решение Томского облисполкома от 17 февраля 1978 г. комплекс монастырских зданий был взят под государственную охрану.
В 1992 г. Казанская церковь и келейный корпус монастыря были возвращены верующим. Началось регулярное богослужение.
5 июля 1995 г. в выгребной яме на месте разрушенной часовни святого старца Федора Кузьмича были обретены его мощи, ставшие главной монастырской реликвией.
Феодор Кузьмич, Томский (1776/1777-1864) - святой праведный старец. Происхождение святого достоверно неизвестно. По бытующей со времени его жизни легенде, он был тайно сошедшим с престола императором Александром I.
В 1997 г. была восстановлена часовня святого.
В 2010 г. в келейном корпусе монастыря (бывшее здание архиерейского дома, построенного в 1835 г. у южной стороны монастырской ограды) была освящена домовая церковь Трех Святителей. В ней устроен мраморный иконостас, сам декор церкви выполнен в византийском стиле.
В 2012 г. из федерального бюджета по программе «Культура России» было выделено 15 миллионов рублей на реставрацию Казанской церкви.