В 1992 г. здание бывшего Знаменского собора был вновь передано Русской Православной церкви, но лишь в 1999 г. Курская епархия начала работы по перестройке храма. 23 апреля 2000 г. на восстановленные малые купола Знаменского кафедрального собора были подняты и укреплены золотые маковки и кресты.
«Курская правда» сообщала: «Началось это поистине историческое событие с молитвы. Митрополит Курский и Рыльский Ювеналий освятил вначале кресты, потом маковки. Он сердечно поблагодарил всех, кто причастен к благому делу восстановления первозданного облика собора. Помимо губернатора Александра Руцкого, председателя правительства области Бориса Хохлова, руководителей строительных и проектных организаций, монахов Знаменского монастыря, именинниками происходившего чувствовали себя и армянские строители из фирмы «Борис-инвест. Рабочие стали укреплять тросы к первой маковке, которая весит ни много, ни мало, а четыре с половиной тонны. Для того, чтобы поднять на высоту более пятидесяти метров купола соседи из Старого Оскола согласились доставить с Лебединского ГОКа специальный кран. Его в ограде собора укрепили на четыре мощные опоры... Золотой купол уже наверху и монтажники [«Росатомэнергостроя» из Курчатова] сваркой быстро прикрепляют его. А кран поднимает уже крест, еще минута - и он на маковке. «Кресту Твоему поклоняемся, Владыка, и святое воскресение Твое славим!» - поют монахи...
Немалую роль в формировании образа Знаменского храма играет тот стиль, в котором он построен. Перед нами — почти канонический образец зрелого классицизма, «классицизм как он есть», без гибридных вкраплений и искажений. Три части здания следуют одна на другой: основной четверик, представляющий собой в плане классический крест, потом «долгая» трапезная и наконец колокольня, поставленная на отдельном фундаменте в северо-западном углу. Впрочем, к колокольне как раз есть вопросы. Колокольня — это «новация», появившаяся в ходе восстановления собора в 1990-2000-х годах. Изначально она была другой — двухбашенной, причем колокольные башни стояли прямо на крыше трапезной, вырастали из нее; по этой не вполне обычной колокольне многие из тех, кто писал о Знаменском храме, определяли его генеалогию, возводя ее к Троицкому собору Александро-Невской Лавры — еще одному несомненному образцу архитектуры классицизма. Знаменская колокольня была уничтожена в 1930-х годах, а в новейшее время возродили лишь се северную «половину», поставив ее при этом не на трапезной, а рядом с храмом. Критиков такого решения хватает, но оно диктовалось но принципиальными эстетическими соображениями, а причинами исключительно утилитарного характера.
В остальном — классика: три шестиколонных портика коринфского ордера, коринфские полуколонны, украшающие стены трапезной и алтарной апсиды, выверенные пропорции, легкость, при всей огромности, строения, большие окна, изысканный декор. Отметим кстати, что если сам собор выстроен из кирпича, то его декоративные элементы выполнены из знаменитого мячковского камня, добываемого в подмосковном Мячкове по меньшей мере с начала XIV века.
Над основным четвериком собора поднимается мощный световой барабан, украшенный полуколоннами и увенчанный куполом параболической формы. Форма эта — плод перестройки храма в 1950-х годах; изначально купол был полусферическим. По бокам в 2000 году восстановлены четыре главки, разобранные в 1930-х годах.
Прямоугольная в плане (вытянутая по оси «восток — запад») колокольня имеет два яруса. Первый ярус завершается полукруглыми фронтонами, что многим не нравится; критики утверждают, что эти фронтоны диссонируют с треугольными фронтонами портиков. Из четырех проемов яруса звона два (северный и южный) сделаны прямоугольными, а два (восточный и западный) — арочными. Венчает колокольню «петербургский» шпипь с крестом.
Портики на мощных основаниях, с лестницами, шестью колоннами коринфского ордера и треугольными фронтонами, устроены с севера, юга и запада; они обозначают собой три входа в собор. Обычно главным входом является западный, однако в Знаменский собор основная гласса людей попадает через северный, что вполне естественно — он находится со стороны Красной площади.
В стенах трапезной прорезаны два ряда окон; нижние, прямоугольные, окна, имеющие большие размеры, относятся к первому этажу. а верхние, квадратные, — ко второму. Первый этаж украшен рустом, стена второго этажа — гладкая; тем самым обозначена межэтажная граница. Между окон поднимаются полуколонны коринфского ордера.
От дореволюционного внутреннего убранства Знаменского собора к моменту его передачи Церкви ничего, увы, не сохранилось — все пропало в ходе советских перестроек и в устроенном фашистами в 1943 году пожаре. А полюбоваться было чем — взять хотя бы сложнейший чугунный иконостас, над которым петербургские литейщики трудились восемь лет: заказали его а 1824 году, а установили в соборе лишь в 1832-м. Нынешний иконостас. впрочем, почти в точности повторяет тот, дореволюционный. Вообще, мастера, занимавшиеся восстановлением интерьера соборного храма, постоянно сверялись со старыми фотографиями и чертежами, стремясь по возможности повторить утерянное богатство. И в центральной части храма им это во многом удалось сделать.
А вот вид трапезной изменился. Собственно, с трапезной. если попадать в храм «правильно», то есть с запада (чего, правда, никто сейчас не делает — все идут с севера, прямиком в главный четверик), и начинается знакомство со Знаменским собором. Она имеет два этажа, вверху устроена церковь в честь иконы Божией Матери «Державной». Нижний лаж кажется приземистым, что собору идет даже на пользу: тем самым более отчетливо оттеняется высота центральной части. При этом трапезная «не давит», она вполне просторна и гармонична, ее протяженность как бы приглашает, ведет посетителя дальше, в основной четверик, к главным святыням храма.
В трапезной поставлены два ряда мощных пилонов, между которыми перекинуты арки. Кессонный (то есть поделенный на объемные фрагменты) потолок украшен богатой лепниной: трапезная предстает этаким достойным «предисловием» к ведущей теме, которая с полной силой звучит под центральным куполом. перед иконостасом.
И как же здесь все изменилось по сравнению с 1990-ми годами! Разобраны закрывавший барабан фальшивый купол и поддерживавшие его столбы: убраны полукруглые лестницы на второй этаж; пространство раздалось вширь и вверх, стало легким, «пластичным», «текучим». Очень светло — благодаря множеству огромных окон, и в стенах, и в подкупольмом барабане. С севера и юга освящены приделы, облицованные гранитом; над ними парят хоры. Стены, арки, основание барабана украшены лепниной; росписи верхних частей стен иллюстрируют евангельскую историю. Расписаны и барабан с куполом: в барабане, меж окон, мы видим изображения ветхозаветных пророков Иеремии. Исаии. Захарии, Иезекииля, Давида, Соломона, Осии и Илии; в нупиле — в окружении нескольких десятков русских святых восседает на троне Божия Матерь. Под куполом — позолоченное паникадило весом в две с половиной тонны.
Оформление интерьера выполнено с тактом и вкусом, что и не мудрено, ведь им занимался коллектив петербургских художников, прежде работавших над оформлением возрожденного в 1990-х годах московского храма Христа Спасителя.
В длину Знаменский собор простирается почти на 77 метров, ширина основного четверика — около 32 метров, высота — 48 метров. Диаметр центрального купола — 20 метров. Толщина стен здания у основания — почти шесть метров.
В 2003 году на колокольню было поднято одиннадцать колоколов, отлитых на Урале.
Их общий вес — почти три тонны; «набольший» из колоколов тянет на 1380 килограммов. Впрочем, до революции все было гораздо серьезнее — самый мощный из тогдашних десяти колоколов весил 16 тонн и гремел так. что его голос слышали в Коренной пустыни, то есть в тридцати километрах от Курска!