Первый храм на Руси, посвященный памяти святого А. Невского, построил родоначальник дома Романовых патриарх Филарет. p>
Он был воздвигнут до 1630 года над Тайницкими воротами в Московском Кремле. Церковь не сохранилась: она в конце XVIII столетия была разобрана.
Впервые собор упоминается в летописи в 1625 году.
При патриархе Филарете в 1630 году с восточной стороны звонницы недалеко от церкви Черниговских чудотворцев, вероятно на месте предшествующего, построен новый храм.
С 1634 году он именуется собором. Немногочисленные сохранившиеся планы Кремля того времени не дают изображения церкви Александра Невского.
При строительстве в последней четверти ХVII века новых Приказов на Ивановской площади, законченных при царе Федоре Алексеевиче, вместо предполагаемой ранее церкви Трех Исповедников над первым ярусом Приказных палат, рядом с проезжими воротами, ведущими к Тайницкой башне, в 1681-1683 годах были выстроены две церкви под одной крышей. Сюда перенесли престолы св. князя Александра Невского и Черниговских чудотворцев, а старые храмы, очевидно пришедшие в ветхость, разобрали. Оба собора были освящены в 1683 году.
На гравюре начала ХVIII века, изображающей вид на Кремль из Замоскворечья показаны и эти храмы. Они располагались к западу от ворот, устроенных в первом ярусе сооружения Приказных палат. В отличие от крепостных, эти ворота назывались Верхними Тайницкими. Одинаковые по архитектуре, обе церкви стояли одна за другой в направлении север-юг, занимая второй ярус палат. Единая четырехскатная кровля была увенчана десятью главами. Здания храмов окружало открытое гульбище, на которое со стороны Ивановской площади вела лестница.
В 1772 году при подготовке к строительству Кремлевского дворца по проекту В. Баженова обе церкви вместе со всеми Приказными палатами были разобраны.