В 1295 году в день праздника рождества Пресвятой Богородицы «некий благочестивый муж» из города Рыльска, промышляя с товарищами в лесу, в 27 верстах от бывшего Курска; на берегу реки Тускари, нашел лежащую при корнях большого вяза икону, повернутую ликом к земле. Как только он поднял её, под иконой открылся источник воды, существующий и по сей день. Икона оказалась «Богородичной» типа «Знамение», небольших размеров – 3,5 х 3,5 вершка (15,2 х 15,6). По названию местности икона получила именование Курской, а Коренной – потому, что обретена при корнях дерева. Нашедшие икону сразу ощутили её благодатность и не дерзнули нести её с места обретения; поместив икону в дупле того же дерева, они немедля срубили небольшую часовню. Впоследствии на этом месте был построен монастырский соборный храм Рождества Богородицы.

Жители Рыльска в конце XIII – начале XIV века не раз переносили икону в свой город и ставили в церкви, но икона каждый раз чудесно исчезала и оказывалась на том месте, где была первоначально найдена. Тогда здесь соорудили более просторную и прочную часовню и стали приходить для поклонения иконе сюда, на лесистый склон реки Тускари. Паломников становилось с каждым годом все больше, потому что от иконы исходили многие благодатные знамения и совершались исцеления.

В том же 1597 году последовал царский указ о создании мужского монастыря на месте обретения Курской Коренной иконы с церковью во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Туда препроводили икону из Москвы вместе с «царским иждивением» на построение пустыни. Настоятелем – игуменом будущей обители был определен священник из Рыльска, имевший особое усердие к Коренной иконе, часто совершавший на месте её обретения молебны и иные требы для богомольцев-паломников. В монашестве он получил имя Евфимий.