В 1918 году на Сходе бедноты было принято решение переименовать местечко Коренная пустынь на новое название – местечко Свобода.

В это же время монастырь лишается права юридического лица, а в 1922 году согласно «Декрета ВЦИК 16 февраля 1922 года» состоялось изъятие монастырских ценностей. Большое количество драгоценных предметов: оклады икон, Евангелий, кресты, облачения и многое другое было увезено навсегда.

В октябре 1923 года пустынь была закрыта. Многочисленная братия была распущена. Некоторые из них, оставаясь преданными Святому месту, терпя голод и холод, ютились в землянках, которые они устроили невдалеке от обители в окрестностях храма Иоакима и Анны села Долгое.

По закрытии монастыря оставшиеся ценности, в том числе и уникальная библиотека – разграблены и вывезены. Были разрушены и разобраны на кирпич все храмы обители, крытые сходы к источнику, два яруса колокольни и её шатровый верх, на въездных вратах уничтожены навершия с крестами, разобрана часовня на корню - место обретения чудотворного образа и многие другие строения.

Изменились и монастырские окрестности. Богородицкий лес вырубили, а это были реликтовые дубравы, создававшие особый неповторимый целебный воздух. Светлые поляны леса и прибрежные луга давали возможность заготавливать лекарственные травы и растения, которые умело использовали коренские монахи.

На месте разрушенного храма Рождества Богородицы в тридцатые годы был сооружен фонтан, украшенный фигурами гипсовых медведей. К этому времени здесь разместился санаторий «Свобода», а после Великой Отечественной войны в уцелевших монастырских зданиях было организовано ремесленное училище.

Судьбы репрессированного духовенства и братии монастыря.

Настоятелем монастыря с 1918 по 1919 г.г. был архимандрит Варнава. 31 октября 1919 года, сопровождая икону «Знамение Курская Коренная» он покидает обитель. Остаток жизни архимандрит Варнава проводит в Сербии, где до 1944 года находилась икона «Знамение». Место его служения не известно, как и место захоронения.

Иеромонах Иннокентий (Гришин) в связи с отъездом игумена Варнавы с иконой «Знамения» Курской Коренной за границу, был назначен исполняющим должность наместника монастыря 5 июня 1920 г. С 1922 года назначен настоятелем Рождества Богородичной Коренной пустыни в сане Архимандрита. Скончался 4 июня 1928 г.