Благодаря неустанным молитвам и личным трудам Схимитрополита Иувеналия (а тогда -Архиепископа Курского и Белгородского) были преодолены все сопротивления местных властей, всячески препятствовавших возвращению пустыни Русской Православной Церкви.
7 августа 1989 года Коренная пустынь была возвращена Курской епархии. А уже 15 августа состоялась первая служба (после 66 лет забвения) на месте, где стоял величественный храм обители во имя Рождества Пресвятой Богородицы.
Первый после долгого перерыва крестный ход состоялся 15 июня 1990 года, в девятую пятницу по Пасхе. По своим масштабам он отличался от своих исторических предшественников: его протяженность была всего лишь 300 метров по территории монастыря. Последующие ходы обрели свой прежний исторический масштаб.
Возрождение обители
С 1989 года начинается возрождение пустыни из руин. В 1990 году в первозданном виде отреставрированы въездные врата обители. В 1991 году восстановлены колокольня над Святыми вратами и монастырская трапезная. За период 1994-97 г.г. были восстановлены уникальная крытая галерея со сходами к источнику и храм Живоносного источника. Обустроен и освящен 19 сентября 1991 года Патриархом Московским и всея Руси Алексием II храм Рождества Пресвятой Богородицы, восстановлен келейный корпус. На новом месте выстроен большой хозяйственный двор монастыря, где устроен скит с домовой церковью преподобного Серафима Саровского.
11 декабря 2004 году в историко-культурном центре состоялось первое заседание Попечительского совета по возрождению мужского Рождества Пресвятой Богородицы монастыря Коренная пустынь. Принятые Советом программы позволили выполнить большой объем работ – восстановлены здания Архиерейской гостиницы, игуменского корпуса, отремонтирован храм Рождества Пресвятой Богородицы, восстановлена роспись Святых врат, проведена газификация монастыря. На месте когда-то разрушенного воссоздан главный соборный храм Рождества Пресвятой Богородицы. Проведены работы по благоустройству монастырской территории. Восстановлены галерея (сходов) к источнику и храм Живоносного источника.
Спустя долгие годы в 2009 году в Россию впервые после долгих десятилетий разлуки на время вернулась чудотворная икона Божией Матери «Знамение» Курская Коренная – главная святыня русского зарубежья.
Переговорный процесс о ее принесении на родину был начат еще схимитрополитом Ювеналием. Именно он впервые направил письмо с этой просьбой тогдашнему Первоиерарху Русской Православной Церкви Заграницей Виталию. В 2007 году, когда произошло эпохальное объединение Русских Православных Церквей, вновь встал вопрос о возвращении иконы. В мае 2007 года во время своего визита в Курскую область Первоиерарх РПЦЗ митрополит Лавр лично совершил паломничество в Коренную пустынь, и одной из основных тем его встречи с губернатором Александром Михайловым стало как раз таки принесение чудотворной святыни. Потом были неоднократные встречи и переговоры в Москве, в том числе во время проведения Поместного собора на уровне полпреда президента в ЦФО и главы Русской Православной Церкви. Немалую роль в процессе возвращения иконы в Россию, по словам митрополита Курского и Рыльского Германа, сыграла так называемая «народная дипломатия», ведь сотни русских паломников, которые приходили приклониться к подлиннику иконы, неоднократно обращались с просьбами о ее возвращении к представителям зарубежной церкви. В итоге 5 мая 2009 года на заседании Синода Русской Православной Церкви было получено принципиальное согласие Русской Православной Церкви Заграницей о принесении в Россию Курской Коренной иконы Божией Матери «Знамение». По словам Георгия Полтавченко, это событие стало очередным шагом на пути объединения двух церквей.
Для подготовки визита иконы в Россию была создана рабочая группа, возглавил которую протоиерей Серафим Ганн. Зарубежные священники сразу же выдвинули условие – восстановление главного соборного храма Коренной пустыни – Рождества Пресвятой Богородицы.
Курское духовенство внесло встречное предложение. Оно касалось времени пребывания иконы на территории страны. Паломничество на Родину чудотворной Курской Коренной иконы Божией Матери «Знамение» было приурочено к осеннему крестному ходу из Коренной пустыни в Знаменский собор. И вот в 2009 году икону доставили на курскую землю Патриарх Московский и всея Руси Кирилл и Первоиерарх РПЦЗ митрополит Иларион. К этому времени в самые короткие сроки был возрожден соборный храм Рождества Пресвятой Богородицы. Эта работа была проведена попечительским советом по возрождению монастыря Коренная пустынь, который возглавляет губернатор Курской области А.Н.Михайлов.
В Курской области уделяется большое внимание осуществлению мер по возрождению духовных традиций, важное место среди которых занимают мероприятия по строительству новых и возрождению существующих храмов. Ярким свидетельством этого является реализуемая в течение последних лет широкомасштабная программа по восстановлению главной святыни Курского края – мужского Рождества Пресвятой Богородицы монастыря «Коренная пустынь» – места явления чудотворной иконы Божией Матери «Знамение» Курской Коренной.
Результатом выполнения программы стали восстановленные в монастыре Белая гостиница, игуменский и братский корпуса, колокольня со святыми вратами. В своем прежнем величии возрожден соборный храм Рождества Пресвятой Богородицы, освященный в 2009 году Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом. Основная задача попечителей – восстановить в прежнем величии и красоте монастырь «Коренная пустынь» как центр православной духовности и паломничества.
24 сентября 2012 года митрополит Курский и Рыльский Герман , архиепископ Берлинско-Германский и Великобританский Марк и епископ Железногорский и Льговский Вениамин совершили чин освящения восстановленного храма во имя иконы Божией Матери «Живоносный источник» и первую божественную литургию в нем. Отличительной и уникальной особенностью храма является фарфоровый иконостас, выполненный екатеринбургскими мастерами.
Главный монастырский храм - Собор Рождества Пресвятой Богородицы – освящен Святейшим патриархом Московским и всея Руси Кириллом 24 сентября 2009 г., правый придел освящен архиерейским чином 22 декабря 2011 г. в честь Рождества Иоанна Предтечи.