В июне 1767 года тяжелобольному 9-летнему отроку Прохору Машнину явилась Божья Матерь и сказала, что Сама придет и исцелит его, о чем Прохор поведал своей матери, Агафье Фатеевне. На следующий день крестный ход из Знаменского Курского монастыря из-за сильного ливня изменил направление и пошел через усадьбу Машниниых. Агафья Фатеевна вынесла мальчика во двор, попросила пронести над ним Коренную икону и дала сыну приложиться к ней, после чего он стал выздоравливать. Этот случай из жизни великого светильника земли Русской преподобного Серафима Саровского связал его духовной нитью с Коренной иконой и Коренной пустынью. В 20-летнем возрасте он ушел в Саровский монастырь Тамбовской епархии, и, может быть не случайно, что духовное возрождение Курской Коренной пустыни началось именно от Саровского монастыря. В 1792 году состоялся первый (по возобновлении) крестный ход в Коренную пустынь, после которого в Синод последовало еще одно прошение. Отмечая, что в крестном ходе участвовали многие тысячи людей, и не только местных, но и «из Москвы, С. – Петербурга, Киева, великороссийских, малороссийских и греческих городов, Валахии, Крыма, Польши и прочих стран», граждане Курска со скорбью жаловались, что соборное богослужение, молебны и акафисты в пустыни совершаются «с крайним небрежением». И просили в Коренной пустыни «учредить общежительство примерно против (то есть по подобию. – Авт). Саровской пустыни и определить в настоятели из монашествующих оной (Саровской. – Авт.) иеромонаха Никандра».

Синод прислал в настоятели для Коренной пустыни Саровского иеромонаха Илария, с ним прибыли иеродиакон Парфений и два послушника. Старец Иларий, отпустив из Коренной пустыни тех, кто не пожелал жить по монашески, пополнил братию духовно крепкими людьми, ввел общежительный устав, не оставляя попечений и во внешнем благоустройстве обители. Однако по старости и слабости здоровья он не смог долго оставаться настоятелем и в 1795 году вернулся в Саров. В Коренной пустыни остался духовником иеромонах Парфений. Назначенный в 1799 году настоятелем иеромонах Макарий (Каменецкий) прежде проходил послушание трапезаря в Санкт-Петербургской Александро – Невской Лавре; личные связи с высокопоставленными людьми в столице, в том числе с митрополитом Гавриилом, помогли отцу Макарию в деле возрождения Коренной пустыни. С его приходом обитель возвратила многие земли и угодья, отнятые в 1764 году, в том числе лес, луга по обеим сторонам реки Тускари, сады и огороды, мельницу у села Долгого и другое. В 1804 году был издан указ, по которому Курская икона Знамение должна была отныне оставаться в Коренной пустыни с 9-й пятницы по Пасхе до 12/25 сентября; все сборы в течение этого времени шли в пользу Коренной пустыни. За благоустройством внутренним, духовным закономерно следовало и внешнее, материальное благолепие.

В 1806 году отец Макарий был возведен в сан игумена. Своим ближайшим помощником он сделал иеромонаха Парфения (бывшего саровского инока), который усердно трудился над духовным укреплением обители до 1809 года, когда был переведен настоятелем в Глинскую Рождество-Богородицкую пустынь.

В 1811 году в Коренной обители было девять иеромонахов, пять иеродиаконов, один белый диакон, четыре монаха и 25 послушников. Среди них были люди разного происхождения и положения (иногда и высокого), но с общим искренним стремлением к иноческому благочестию и подвижническому житию.

Игумен Макарий скончался 16 августа 1815 года и погребен под папертью соборного монастырского храма Рождества Богородицы. Его преемником стал игумен Палладий (1815-1818), в миру Павел Белевцев, из дворян Курской губернии, окончивший курс наук в Инженерном корпусе. При нем в Коренной пустыни была учреждена архимандрия; сам он стал её первым архимандритом, в 1819 году был переведен настоятелем Курского Знаменского монастыря; там его деятельность увенчалась постройкой величественного Знаменского собора, который и по сей день украшает город.

В 1819 году в Коренной пустыни была освящена четвертая церковь Всех святых в братской трапезной с кельями. В 30-х годах заработал монастырский кирпичный завод, производивший 300 тысяч штук кирпича в год. Мельница у села Долгого обеспечивала монастырь мукой.

В 1825 году монастырю отошел по завещанию двор купца Гладкова в городе Курске, который стал чем-то вроде подворья обители. В 1832-1835 годах, при архимандрите Паисии, были построены знаменитые крытые с окнами величественные каменные сходы от верхней площадки монастыря к церкви «Живоносного Источника». Затратив большие по тем времена средства – 20 тысяч рублей серебром. По свидетельству очевидцев сходы эти придавали Коренной пустыни необычайно красивый вид, напоминая галереи Афонских монастырей и крытые галереи Ближних и Дальних пещер Киево-Печерской Лавры, и создавали большие удобства для богомольцев.

В 1825 году был заложен соборный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы по проекту, выбранному известным курским помещиком графом Клейнмихелем, имевшим на то поручение правительства. Освященный в 1860 году новый храм представлял один из лучших образцов русско-византийского стиля.

Была обновлена и церковь «Живоносного источника». В центре её, перед алтарем, находился огороженный железной решеткой колодец; в металлический чан, сооруженный для лучшего течения воды Коренного источника, верующие имели обыкновение бросать серебряные и медные деньги; иногда собиралась немалая сумма. Южные двери храма выходили на небольшой дворик, на западной стороне которого покатость была обсечена отвесно и вымощена камнем; неподалеку сквозь проделанное в камне отверстие можно было увидеть корень того самого вяза, у которого была найдена в 1295 году чудотворная икона Знамения Божией Матери. В 1885 году корень еще испускал три живых зеленых отростка. Деревянный щит с изображением Коренной иконы в момент обретения, в руках нашедшего её человека с фонарем-лампадой пред нею, укрывался сверху деревянной крышей на столбах; внизу – деревянный помост, над которым истекал чудотворный источник, тут же трубою отводимый внутрь церкви, в колодец с чаном, а из него трубой – к реке Тускари.

В 1875 году, при архимандрите Иоанникии, была построена пятая по счету монастырская церковь – в честь иконы Божией Матери Знамения на другом холме обители, через овраг. Близ этого храма был выстроен также одноэтажный корпус для братии, среди крыши его – небольшая колокольня. При этом храме было устроено еще одно – четвертое – скромное кладбище для погребения братии и благодетелей обители.

Совершенствовалась духовная подвижническая жизнь монашествующих, особенно при архимандрите Ювеналии (Половцеве), назначенном в 1862 году из Глинской пустыни, где он был настоятелем. Он продолжал дело, начатое в 1793 году Саровским старцем Иларием. Ювеналий был подлинным старцем; в свое время он более 10 лет подвизался в Оптинской пустыни под руководством известного старца Макария. Так наряду с духовным направлением Сарова к Коренной пустыни добавился и дух Оптиной. Образованный в «духовных науках», отец Ювеналий стал примером для братии. При нем были полностью построены двухэтажный каменный корпус на правой стороне монастыря, двухэтажная гостиница. В 1868 году архимандрита Ювеналия перевели наместником Санкт-Петербургской Александро-Невской Лавры.

В XIX– начале XX века Коренная пустынь приобрела тот вид, в котором она запомнилась очевидцам. От святых ворот ближе к рыночной площади были построены еще одни ворота с колокольней. Перед монастырем высились две гостиницы, внутри монастыря возникли каменный настоятельский корпус, братские корпуса, трапезная с церковью, гостиничные и больничные корпуса, другие постройки.

Коренная ежегодная ярмарка в законе 1824 года названа в числе трех главных ярмарок, на которые иностранцам разрешалось высылать свои товары.

В 1860 году в крестном ходе с Коренной иконой участвовало более 60 тысяч человек. Бывали годы, когда народу собиралось и съезжалось столько, что крестный ход растягивался на все 27 верст – так, что, когда первые богомольцы входили в Коренную пустынь, последние еще находились на Красной площади в Курске. Ризница Коренной пустыни хранила исторические и духовные реликвии, в частности два напрестольных креста с множеством частиц мощей различных святых, драгоценные оклады, кресты, сосуды, книги, в том числе печати XVII века и т.п. Наиболее чтимыми иконами обители были Курская Коренная (имелись два списка с первоначальной иконы, один из них – XVIIвек), Казанская и Федоровская иконы Божией Матери, а также храмовые иконы: Иоанна Предтечи, Антония и Феодосия Печерских, Живоносного Источника, Преображения Господня, Архистратига Михаила, Всех святых.

Как выразился по поводу подобных монастырей отечественный историк, «не один только дух русского православного благочестия выражается во всех этих разнообразных «деяниях», и неглубокое наблюдение без специального анализа памятников открывает, как и что могли и умели построить, приобретать, жертвовать и хранить древние русские люди. Хранимые как святыня и драгоценные памятники носят на себе следы идей, формы и стиля искусства древнего времени, в них хорошо заметны как разум, так и вкус созидателей и благотворителей святой обители».