Однако новый монастырь едва ли успел развернуться. В 1598 или 1599 году царь Борис Годунов повелел перенести «царское иждивение» из Коренной пустыни в Курск, ввиду опасной близости крымских татар, напавших на Белгород. Икону поместили в приделе в честь Рождества Богородицы, устроенном стараниями игумена Евфимия при городском Воскресенском соборе. В 1601 – 1603 годах Россию поразил страшный голод. Плодородные земли не давали урожая, все… кроме Курской земли. Она одна снабжала хлебом не только своих жителей, но и Москву. В сознании людей это прямо связывалось с чудотворной иконой; как бы в благодарность ей царь Борис пожаловал еще не возникшей Коренной пустыни денежную казну, ризы, свечи, ладан, иконы, колокола и книги. Все это также разместилось пока в Курске. Игумен Евфимий доходы от своих служб, в приделе Воскресенского собора приберегал на содержание Коренной обители. Соборяне жаловались царю, но он поддерживал Евфимия, приказав игумену с братией владеть всеми доходами от служб в Рождество - Богородицком приделе. Из этого видно, что уже в конце XVI века братия Коренной пустыни существовала и, вероятно, велись какие-то подготовительные работы по строительству обители. Курск в то время только отстраивался; он не стал еще прочной крепостью, и в 1604 году отряд Лжедмитрия I беспрепятственно вошел в город и взял Курскую Коренную икону с собой в Путивль, откуда она в стане самозванца была привезена в Москву. Святыни не помогают не правому делу… Лжедмитрия постигло народное мщение. Но нельзя не обратить внимания на то, что Курская Коренная икона в столь критический момент истории оказалась в столице и оставалась там до окончания Смутного времени и установления в России законной власти в 1613 году.

Бедствие постигло в том году и Коренную пустынь. В 1611 году объединенная орда крымских, ногайских и казанских татар напала на Курский уезд (Курск не был ими взят) и тогда «погорели все грамоты и выписи» Коренной пустыни, которая, следовательно, к этому времени успела обустроиться, обзавестись деловыми бумагами.

В 1612 году 7-тысячное войско польско-литовских интервентов во главе с Сагайдачным и Жолкевским неожиданно подступили к Курску. Жители Курска сбежались в Воскресенский собор и всю ночь со слезами молились перед списком с Коренной иконы в приделе Рождества Богородицы об избавлении от неприятеля, обещая Царице Небесной построить в Курске монастырь в честь Её иконы. В ту же ночь пушкарь Иван Москвитин видел Светозарную Деву в сопровождении двух юношей в светлых одеждах, шедшую от Пятницкой башни оп городскому забралу. Ободрившиеся куряне крестным ходом обнесли список Коренной иконы по стенам крепости. Четыре недели держали враги осаду Курска, захватили Большой Острог, но Малого Острожка, где укрывались жители и воины, взять не смогли.

Исполняя свой обет, куряне всех сословий направили в том же 1612 году московским боярам, а в 1613 году – царю Михаилу Федоровичу челобитные, в которых, описав происшедшие события, просили разрешения на месте Малого Острожка построить монастырь в честь Курской Коренной иконы Знамения. В 1615 году Знаменский монастырь был построен. По просьбе курян из Москвы в Курск была возвращена Коренная Знаменская икона. Следует отметить, что ни гетману, ни другому неприятелю, ни разу не удалось взять Курск, хотя в продолжении XVII века на город часто нападали и поляки, и крымские татары. Курск, правда, был оккупирован в период Великой Отечественной войны 1941-1945 годов. Но заметим, что именно здесь совершилась победоносная Курская битва, имевшая переломное значение для всей войны. Командный пункт Центрального фронта находился в монастырском саду Коренной пустыни, совсем рядом с чудотворным источником.